瑶人尽管成为两广稳定之患，但一直非朝廷腹心之疾，原因在于其组织力较为松散。身处大山之中，寨子千数，寨子内还有“巴引”、“油锅”等自发的互助组织，“目老”“头目公”、乃至“天长公”等头领，都是寨子内各房老人通过民主选举产生——嗯，组织能力低就不足为奇。

依据瑶族的先人传说，是东方“九黎”一支。秦汉时瑶族居湖南大部，被称“武陵蛮”；南北朝时大部瑶人居衡阳和零陵，被称“莫傜蛮”，到了元代，瑶人大部进入了两广腹地；明中后期，迁入了两广山区和云南部分地区——这种迁徙的本质是瑶人生产力一直没有得到有效发展，被汉民挤压生存空间所致。

瑶族历史上规模最大的一次对统治者的反抗，是广西大藤峡瑶民大起义，从洪武四年开始，一百多年此起彼伏，烽火绵延各地——其中景泰年间侯大苟为首领时规模最大，起义军人数超过二十万，到天顺年间已经蔓延到高州、廉州、雷州境内，并威胁到了广州，震动明廷上下。

成化权阉汪直和孝宗生母孝穆纪皇后都是大藤峡人，作为俘虏进的宫。因此孝宗之后的明代皇帝，其实身上都流着部分瑶族的血液。

万历五年年初广东的大规模瑶人起义，其实是帝国西南地区瑶族、壮族、侗族等少数民族的民族矛盾空前激化的结果。因为明廷对西南夷一直采取高压加镇压的统治模式，这种起义从明初开始，几乎没有间断，只不过时大时小而已。